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北京市动物卫生监督所位于海淀区西直门外上园村甲3号，为正处级行政执法机构，隶属于北京市农业局。定编68人，其中行政执法编制65人，全额事业编制3人，现有在编人员66人，其中行政执法专项编制人员65人，全额事业编制人员1人。全所平均年龄38.08岁，其中男职工39人，女职工27人，硕博学历25人（博士2人），本科学历33人，本科以上学历人员占总人数87.88%；畜牧兽医法律相关专业人员51人，占总人数的77.27%；高级职称8人，中级职称35人，中级以上职称人员占总人数65.15%；在职党员40人，占总人数60.61%。
内设动物检验检疫科、动物卫生监督科、屠宰监督科、铁路运输检疫监督科、航空运输检疫监督科、医政药政监督科、畜牧饲料监督科、综合科、信息管理科、办公室、人事劳资科和财务科12个科室。 负责具体实施法律、法规、规章规定应由省级畜牧兽医行政管理部门和动物卫生监督机构承担的执法监督和检疫等职责，负责动物防疫、兽药、种畜禽、饲料等方面大案、要案和跨区域案件的查处工作，参与重大动物疫病的应急处置工作，指导和协调区县相关的执法监督和检疫工作。
北京市动物卫生监督所以构建社会主义和谐社会、坚持科学发展观统领全局为指导，以创建学习型和谐单位、科技型执法单位、良好型服务单位为源动力，秉承"团结奋进、开拓创新、学习参与、和谐健康"工作理念，持续强化"内抓管理、外树形象，科技为本，服务至上"治所方针，紧紧围绕推行"一个模式"（风险风级、量化监督、档案管理）、提升"两个水平"（首都适当动物卫生保护水平、首都动物卫生监督执法水平）、整合"三种资源"（官方兽医、执业兽医、院企兽医）、健全"四种制度"（官方工作、市场准入、全程追溯、效能评价）、完善"五个体系"（法规标准、技术支撑、屏障保护、信息管理、诚信责任），搭建首都动物及动物产品无疫安全技术保障平台的总体工作思路，强化“同一个世界，同一个健康”使命理念、“无疫安全、全面安全”职责理念、“综合监管、全程控制”方法理念，求真务实，勇于进取，为确保畜禽产品质量和公共卫生安全发挥了重要作用。
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